これまで、購入時の「1度に購入できる商品点数」の数量制限は、バリエーション商品の場合、各バリエーション単位でのみ数量制限が可能でしたが、今回の改良で商品単位で数量制限ができるようになりました。

「商品管理」→「陳列中商品設定」の各商品登録/変更画面から設定可能です。
1度に購入できる商品点数欄の「バリエーションがあっても商品単位で制限する」にチェックを入れて下さい。