これまで、送料無料設定は、全発送方法に必ず適用されておりましたが、発送方法単位で除外ができるようになりました。

詳細は、下記のFAQをご覧下さい。
http://www.ocnk.net/faq/index.php?action=artikel&cat=281592&id=758&artlang=ja

「管理画面」→「ショップ運用設定」→「送料設定」のそれぞれの送料設定画面から設定して下さい。