これまで、カテゴリ、グループメニュー一覧のメニュー単位の非表示はできませんでしたが、可能になりました。
XHTMLテンプレートの左エリア、HTML5テンプレートのヘッダー、サイドエリアのメニュー一覧に適用されます。

設定の詳細は、下記のFAQをご覧ください。

Q. 登録済みの商品カテゴリの操作について
http://www.ocnk.net/faq/index.php?action=artikel&cat=281576&id=935

Q. 登録済みの商品グループ（特集）の操作について
http://www.ocnk.net/faq/index.php?action=artikel&cat=281576&id=937